Se conocen 19 serotipos diferentes de Chlamydia trachomatis, que causan diferentes tipos de enfermedades. Los serotipos A-C causan tracoma, una inflamación crónica del ojo (queratoconjuntivitis), que es la causa más común de ceguera evitable en todo el mundo (distribución: África, Asia, Australia, Oceanía). Los serotipos L1-L3 prevalecen en las regiones tropicales y se transmiten sexualmente. El cuadro clínico (linfogranuloma venéreo) muestra úlceras genitales muy inflamadas con ganglios linfáticos inflamados parcialmente purulentos. De manera similar, en el hemisferio norte (naciones industrializadas) se transmiten sexualmente los serotipos D-K que pueden causar esterilidad o artritis después de infecciones de los genitales o las articulaciones tanto en mujeres como en hombres. La transmisión perinatal del patógeno de la madre infectada al recién nacido da como resultado la denominada conjuntivitis neonatal o neumonía neonatal.